不在同一个户口本上，可通过出生证明、亲子鉴定等证明父子关系。分析说明：在法律上，证明父子关系并不仅限于户口本。出生证明是最直接且有效的证据之一，它记录了孩子的出生信息以及父母的基本信息。若出生证明遗失或无法获取，亲子鉴定也是一个可靠的证明方式，通过科学手段确定生物学上的父子关系。提醒：当涉及到财产继承、户籍迁移等关键事务时，若无法有效证明父子关系，可能会导致权益受损。此时，应及时寻求律师等专业人士的协助。
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常见处理方式：证明不在同一个户口本上的父子关系，主要通过法律文件和科学鉴定两种方式。法律文件包括出生证明、收养证明等官方文件；科学鉴定则是指亲子鉴定。选择建议：若手头有出生证明等法律文件，应优先考虑使用这些文件来证明关系。若无法获取这些文件，或文件不足以证明关系，可考虑进行亲子鉴定。选择亲子鉴定时，应确保鉴定机构具有合法资质。
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具体操作：1. 若持有出生证明，可直接将其作为证明父子关系的有效证据。若出生证明遗失，可向出生医院或户籍管理部门申请补办。2. 若选择亲子鉴定，应寻找具有合法资质和良好信誉的鉴定机构进行鉴定。鉴定过程中，需遵循鉴定机构的要求提供必要的样本和信息。3. 在提交证明文件或鉴定结果时，应确保文件或结果的完整性和真实性。若遇到质疑或争议，可寻求律师或法院的帮助进行进一步确认。4. 在处理涉及父子关系证明的事务时，如财产继承、户籍迁移等，应确保按照相关法律法规和程序进行操作，以避免不必要的法律风险和纠纷。