占股90%股东对公司重大问题需承担相应出资及赔偿责任。依据《公司法》，股东以其出资为限对公司负责，若利用关联关系损害公司利益，需承担赔偿责任。不及时处理可能导致公司利益严重受损，甚至面临法律诉讼。
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常见处理方式包括履行出资义务、避免关联损害及承担违约赔偿。选择处理方式时，应首先确保履行出资义务，其次避免利用关联关系损害公司，若已造成损害，则积极承担赔偿责任，以维护公司及股东利益。
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占股90%股东需负责。具体操作：1.确保按公司章程规定足额出资，避免出资不实导致的法律责任；2.在公司决策中，避免利用大股东地位损害公司或其他股东利益，保持决策公正；3.若发现自身行为已损害公司利益，应立即停止并主动承担赔偿责任，与公司协商解决方案。