强奸罪案件证据不足时，应依法补充侦查。依据《刑事诉讼法》，检察院可要求公安补充证据或自行侦查，若证据仍不足，可能作出不起诉决定。不及时处理可能导致冤假错案或真正的罪犯逃脱法律制裁。
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强奸案证据不足常见处理方式是补充侦查。公安可继续调查，检察院也可要求公安补充或自行侦查。选择方式需根据案情复杂度、证据缺失情况及侦查资源等因素综合考虑。
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强奸案证据不足应补充侦查。具体操作：1.公安继续侦查，寻找新证据；2.检察院审查，若需补充，可退回公安或自行侦查；3.律师可协助，提出法律意见，指导收集证据。根据情况选择最佳方案，确保案件公正处理。